La Unidad Académica Benito Juárez inicia operaciones en agosto del año 2001 en un edificio rentado para el inicio de actividades académicas. Da comienzo con dos programas educativos: Licenciado en Sistemas Computacionales Administrativos y Licenciado en Administración de Empresas, con una matrícula de 80 alumnos y una planta laboral de 12 profesionales realizando funciones administrativas, docencia y de servicio.

En el año 2003, la Unidad Académica Benito Juárez participa en una convocatoria emitida por la ANUIES y auspiciada por la Fundación Ford, en el Programa Internacional de Apoyo a los Estudiantes Indígenas, siendo aprobada por ANUIES para participar dentro del programa piloto con 40 estudiantes de origen indígena, de la región yaqui y mayo, cercanos al Municipio de Benito Juárez.  

El apoyo consistió en atención personalizada a los estudiantes indígenas, con el acompañamiento de tutores, y adquisiciones de equipo de cómputo y servicio de transporte para el traslado de los estudiantes a la Unidad Académica.

El Programa de Apoyo a Estudiantes Indígenas se encuentra hoy institucionalizado por el Gobierno Federal y Estatal, apoyándolos con recursos provenientes de instituciones gubernamentales para el otorgamiento de becas y otros servicios de atención a jóvenes procedentes de comunidades rurales indígenas.

En el año 2004-2005, la Unidad Académica participa en el Programa Integral de Fortalecimiento Institucional (PIFI), para obtener recursos y mejorar los principales Indicadores de mejoramiento del perfil profesional de sus profesores y así elevar su capacidad y competitividad académica, así como la construcción de aulas, biblioteca, cubículos para profesores y áreas administrativas a través del Plan Maestro de Construcción.

A finales del ciclo escolar 2005-2006, las actividades académicas se trasladan a la nueva infraestructura (Aulas, áreas administrativas, centro de cómputo y biblioteca), con una población de 180 alumnos inscritos en los programas mencionados.

En el año 2006, egresa la primera generación de los programas educativos de Licenciado en Sistemas Computacionales Administrativos y Licenciado en Administración de Empresas, siendo esta actividad la que permitió que la Unidad Académica participara en la acreditación del programa educativo de LASCA, realizado por CASECA, órgano perteneciente al Consejo para la Acreditación de la Educación Superior (COPAES).

En el 2008, la Unidad Académica Benito Juárez apertura el programa educativo Licenciado en Agronegocios y Licenciado en Entrenamiento Deportivo, para el año 2009 se incorpora el programa de Técnico Superior Universitario de Acuacultura.  Incrementando su matrícula a 485 alumnos en el ciclo escolar 2009-2010.

En el año 2011 se realiza el cambio de nombre de Centro de Estudios Superiores del Estado de Sonora a Universidad Estatal de Sonora.

En el año 2013, inicia la construcción del Centro Experimental para el Desarrollo de Prácticas de Campo y de Proyectos de Investigación “Sistemas Integrados de Producción Agropecuaria”, el cual consta de dos invernaderos para producción de hortalizas y la construcción de 5 tinas para producción de tilapia.

Lo anterior permitió incrementar la participación de profesores y estudiantes en proyectos de investigación y con ello, la producción académica y divulgación de los resultados de investigación y titulación de egresados de los programas educativos de la Licenciatura en Agronegocios y TSU en Acuacultura.  

En el año 2014, la Unidad Académica Benito Juárez logra la acreditación del Programa educativo de Licenciado en Agronegocios y con ello, la apertura de este programa en las Unidades Académicas Navojoa, Hermosillo y San Luis Río Colorado, de la Universidad Estatal de Sonora.  

En el año 2016, se incorpora el Programa educativo de Ingeniero en Horticultura y en el 2018, la oferta educativa de la Unidad Académica Benito Juárez se extiende al campo de la salud con la apertura de los programas educativos de Licenciado en Enfermería, Licenciado en Fisioterapia y Licenciado en Nutrición Humana, logrando incrementar la matrícula de estudiantes, lo que permitió la autorización de recursos federales para el crecimiento en infraestructura para la construcción de un edificio de salud en el que se aseguran espacios para desarrollar las funciones de docencia, tutoría, asesoría, laboratorios de nutrición, fisioterapia, para la formación y prácticas para estudiantes y profesores del área de la salud.

Actualmente, la Unidad Académica Benito Juárez de la Universidad Estatal de Sonora cuenta con una matrícula de XXX y representa la principal opción de formación superior para muchos jóvenes de comunidades rurales de los municipios de Etchojoa y Benito Juárez.